Afin de prévenir la survenue de troubles du sommeil qui peuvent être liés au traitement, il est préférable d'absorber le comprimé après le repas du matin ou du midi. Des cas isolés d'hémolyse intravasculaire ont été rapportés chez des sujets déficitaires en G6PD recevant de la Nivaquine. La mort en raison de la détresse respiratoire peut arriver pendant 2 heures après la consommation. Chez les patients avec une acuité visuelle normale, traités par les doses de Nivaquine considérées comme les doses à faible risque et sans autre facteur de risque préalable, un suivi clinique simple peut être effectué une fois par an (questionnaire, évaluation de l'acuité visuelle). Les patients âgés et les femmes peuvent être plus sensibles aux traitements allongeant l'intervalle QT. Cette recherche d'une anomalie ophtalmologique peut être effectuée par un questionnaire ciblé sur les troubles visuels et une évaluation de l'acuité visuelle par lecture de textes et de caractères de différentes tailles avec chaque oeil séparément.